NTP協議為了提高授時的精度，在選擇時鐘源，選擇時鐘源數據，以及在使用這些數據得到精確時間的過程中應用了幾種算法。

  首先是選擇算法，選擇算法包括三部分，首先是選擇時鐘源，NTP只對活性時間源進行檢測（活性源執行ntpq –p命令時reach不為0），如NTP時鐘源和客戶偏差超過1000秒，算法會將時間源識別為不可信時間源。其次是選擇數據，就是時鐘濾波，定義了對單個時鐘采樣的滑動窗口是8個，圖一說明了濾波的原因，延時過大的時候也會導致時間誤差加大，    二說明了濾波前后的區別，采樣數據被處理后，波形平滑很多，由于延時導致的高誤差的數據被過濾了。

濾波算法說明來自NTP協議發明人mills教授官網消息：

https://www.eecis.udel.edu/~mills/ntp/html/filter.html

或者，是在濾波后的數據中對多個源再一次進行選擇

  這一次的判斷標準是每個時間源的殘存的數據都有個別分布范圍，分布范圍重疊較大的區域被認為是時間真值可能存在的區域，沒有和其他源重疊的將被剔除，如圖三中時間源D。兩個時間服務器可能造成失鎖也是因為數據沒有重疊區域，導致算法失真，算不出不來結果。這個在NTPQ查看時被剔除的會顯示“-”。

選擇算法說明來自：https://www.eecis.udel.edu/~mills/ntp/html/select.html 的官網說明。

第二是聚類（群集）算法，是把選擇后幸存的時間源的數據拿來處理，找到分布最密集的區域，不斷迭代消減，選擇出最可能的真值區間。

聚合算法

  聚合算法來自：https://www.eecis.udel.edu/~mills/ntp/html/cluster.html  的詳細說明。

  第三是組合算法，它是處理聚類算法剩下的數據的過程，會給每個時間源一個權重，每個時間源的權重取決于網絡延時和根誤差。這時體現在NTPQ中的狀態是主用時間服務器是“*”，輔助的時間服務器是“+”。這樣出來的誤差值并不等同于任何一個時間服務器的誤差值，在有多個時間服務器的情況下會更精確。